なでしこ3には、用途別に異なる実行環境（ランタイム）が存在します。ここでは、ランタイムの一覧を紹介します。
簡易エディタや、貯蔵庫で動くなでしこ3はブラウザ向けです。一番力を入れて開発されています。ブラウザ向けや描画向けの各種の命令が利用できます。
PC向けで動作するランタイムです。手軽に、PC内でなでしこを動かすことができます。CUI/GUI用のツールを作成できます。ファイル処理/SQlite/ExcelやPDF編集の機能を持っています。作ったツールは、実行ファイル1つになるので配布も簡単です。
PC向けで動作するランタイムです。Node.jsという技術の上でなでしこを動かすことができます。主にコマンドライン上で使います。ファイル処理など、Node.jsの豊富な機能をなでしこから利用できます。プラグインを追加することによりさまざまな機能を追加できます。
以下のランタイムは、いずれもgonakoに置き換えられました。
全てのランタイムで共通で使える命令が用意されています。それが、plugin_systemやplugin_math、pluhin_csvです。